Estava com uma tabela com mais de 12 mil registros e pelo menos 3 mil destes, estavam duplicados.  Não foi fácil encontrar uma solução indolor para remover os registros duplicados, mas  em um comentário no Data Journal o achei em inglês.

A primeiro coisa que você deve fazer é escolher um campo da sua tabela para uma espécie  de chave primária (unique_index) e este campo não pode ser do tipo text ou blob.
Caso seja mude para varchar e especifique um tamanho de caracteres para ele.

Passos:

1) Então remova facilmente os campos duplicados com a seguinte linha:

 alter ignore table bad_table2 add unique index `unique_index` (name);

2) E depois remova a chave que havia sido adicionada com a sql

 alter table bad_table2 drop index `unique_index`;

Não há riscos, mas mesmo assim recomendo que faça um backup da sua tabela antes.